| 平成 3年度 | 新潟県長期構想に掲げる「県立歴史民俗博物館」と「中越社会文化施設（縄文文化館）」の構想を一体の施設として整備することとした基本構想を策定 |
| 平成 4年度 | 基本計画検討委員会設置 |
| 平成 5年度 | 担当組織設置 建設基本計画策定 |
| 平成 6年度 | 展示基本設計 完了 |
| 平成 7年度 | 建築基本設計 完了、用地先行取得 |
| 平成 8年度 | 展示実施設計・建築実施設計 完了 |
| 平成 9年度 | 建築工事（～平成11年10月） 展示制作（～平成12年5月） 情報管理システム基本設計(プロポーザル) |
| 平成10年度 | 外構工事（～平成12年５月） |
| 平成11年度 | 備品サイン工事（~平成12年5月） |
| 平成12年度 | 8月1日 開館 (新潟県から財団法人新潟県文化振興財団に管理運営委託) 開館記念特別展「ジョウモネスク・ジャパン」開催(~9月17日) |
| 平成14年度 | 4月27日 皇太子殿下・同妃殿下ご来館 |
| 平成15年度 | 6月12日 天皇・皇后両陛下ご来館 10月23日 科学研究費補助金取扱規程による研究機関指定 |
| 平成16年度 | 9月9日 博物館に相当する施設指定 11月10日 重要文化財等公開承認施設指定 |
| 平成17年度 | 10月14日 入館者50万人達成 10月8日 5周年記念展「水辺と森と縄文人」開催(~11月27日) |
| 平成18年度 | 4月1日 県直営に移行 |
| 平成22年度 | 7月24日 開館10周年記念特別展「日本海の至宝」開催(~9月5日) |
| 平成25年度 | 3月2日 入館者100万人達成 |
| 令和2年度 | 12月19日 開館20周年記念「特別公開この逸品」開催（～令和3年2月28日） |
| 令和3年度 | 「研究機関における公的研究費の管理・監査のガイドライン（実施基準）」（令和3年度改正）に基づき、公的研究費の適正管理及び研究活動の不正行為防止の取り組みを推進するため、必要な事項を策定 公的研究費関係規程集（PDF） |
